不知道您说的商铺是住改非还是正规的国有土地上的商铺。

首先如果是住改非：住改非也叫住改商，指在国有或者集体土地上的住宅利用其沿街的得天独厚的优越地理位置，改变自己住宅为商铺进行经营。在这种情况下，房屋所有权证上一般标注的用途是住宅，但却依法取得了营业执照、税务登记证等营业证件。住改非的补偿标准分为以下几种情况：

1、大部分按照住宅房屋和非住宅房屋的平均值来确定；

2、有些地方住改非也可以按照商业用房进行补偿；

3、有些地方规定年限，利用年限作为分界点，即一定年限后只按照住宅进行补偿；

4、参照商业用房的标准，根据沿街的具体地理位置进行补偿。

由上面的补偿方式可知，每个地方对于住改非的政策都不尽相同，对于具体适用标准，主要参考当地的拆迁政策。

其次，如果是国有土地上的商铺，那么就直接按照商铺的补偿标准：

商铺的补偿主要由房屋的补偿 地的补偿 停产停业损失 搬迁费、过渡费等几个部分组成。房屋和土地的补偿标准是按照国有土地上的补偿标准计算，即征收公告发布之日起，周边商铺的价格。同时还要补贴停产停业损失，这类补偿不仅包括企业的实际经营损失，还要包括企业的预期利益，而对预期利益的计算，也是根据企业之前的经营状况和停产停业的实际来综合计算，但是企业也应当提供有关证明如纳税证明，货款收据单等证明自己的停业停产损失。

最后一种是产权调换，即按照面积1比1的比例进行房屋产权的置换。